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Des cas d’infection par le virus Shamonda (SHAV) sont désormais confirmés sur chacun des départements bretons.
Chez les bovins, les principaux signes observés sont la fièvre, l’abattement, la baisse de production laitière et les diarrhées. Une vigilance particulière est également recommandée chez les femelles gestantes, avec des risques d’avortement et potentiellement de malformations congénitales.
À quelques jours du SPACE, c’est l’occasion de rappeler la mobilisation précoce de Labocéa : dès fin juillet, nos équipes ont fait partie des premières à proposer un diagnostic, avec aujourd’hui plusieurs solutions disponibles, par PCR et séquençage métagénomique.
Une PCR disponible à Labocéa Fougères
Pour favoriser la détection du virus, le choix et le moment du prélèvement sont essentiels :
- En cas d’hyperthermie et/ou de baisse de production laitière, privilégier un prélèvement de sang total sur EDTA, sans attendre nécessairement l’apparition de la diarrhée ;
- En cas d’avortement, privilégier un prélèvement d’organes de l’avorton, notamment l’encéphale et la rate.
La première PCR mise en place à Labocea était ciblée sur le Génotype 1 mais visiblement passait à côté de potentiels génotypes différents, dont le génotype 2 dont on sait maintenant qu’il circule à l’étranger, en Allemagne, Belgique et Pays Bas, mais qui a aussi été retrouvé en Bretagne par l’ENVT.
Nous sommes en mesure à compter de la semaine du 14 septembre de proposer une PCR optimisée détectant indifféremment les deux génotypes de Shamonda. Nous repasserons d’ailleurs toutes les suspicions reçues et rendues négatives précédemment afin de vérifier leur statut vis-à-vis des deux génotypes avec cette nouvelle PCR.
Le séquençage métagénomique en complément à Ploufragan
En complément de la PCR, Labocéa dispose également de l’approche par séquençage sans a priori (PathoSense), au sein de son service IVPCR-Séquençage à Ploufragan.
La PCR ciblée reste plus sensible pour rechercher un virus connu. En revanche, le séquençage métagénomique présente un autre intérêt majeur : il permet d’analyser les virus sans ciblage préalable et d’apporter une vision plus large sur les génotypes et variants circulants.
Cette approche permet notamment :
- D’identifier les génotypes de Shamonda en circulation ;
- De mettre en évidence une éventuelle dérive génétique ou l’émergence de nouveaux variants ;
- D’explorer des situations où un virus suffisamment divergent pourrait être moins bien reconnu par des amorces PCR nécessairement ciblées sur des séquences connues.
PCR ciblée à Fougères et séquençage métagénomique à Ploufragan : deux approches complémentaires pour accompagner vétérinaires et éleveurs face à cette émergence sanitaire.
Nos équipes sont présentes au SPACE pour échanger sur le Shamonda et plus largement sur les solutions de diagnostic proposées par Labocéa en santé animale.
